・組織が違う
軽自動車と普通車における車検の最大の違いは、車検を受けるための組織が全くの別物という点です。
軽自動車の場合は『軽自動車検査協会』という特別民間法人で行われる事になります。
一方、普通車は『運輸支局 自動車検査登録事務所』という国土交通省の地方出先下部組織で行われる事になります。
別々の組織なので、予約の仕方や検査を受けるための場所も当然違います。
予約の仕方は、それぞれのサイトでアカウントを登録して行いますが、軽自動車検査協会は電話でも受けつけています。
・料金が違う
次に料金の違いがあげられます。
車検代は主に、法定費用料（国や保険会社に支払う分）と車検基本料（整備工場やディーラーに支払う分）に分けられます。
法定費用料には自動車重量税という項目があるので、名前の通りに軽い軽自動車の方が圧倒的に安くつきます。基本的に倍重ければ倍の税金がかかると考えて良いでしょう。また、自賠責保険代も軽の方が若干ですが安くつきます。
車検基本料は、部品の消耗・交換という面からみると、軽自動車の方が排気量が少なくて消耗が早いので、高くついてしまいがちのようです。料金は交換する部品によるので何とも言えません。
総合すると、どちらが高い安いで語れる話ではなく、どちらにもメリットとデメリットが存在するといった所でしょうか。
・必要書類が違う
これまではどちらも『自動車検査証』『自賠責証明書』『納税証明書』の三つが必要でしたが、運輸支局は去年から納税確認システムを電子化しました。
よって普通車のみ『納税証明書』が不要となります（ただし納付後１０日以上経っていないと反映されません）。
・検査の仕方が若干違う
下回り検査は、軽自動車は軽いのでリフトで全体を浮かせて下の検査をします。
普通車は床の真ん中が空洞になっている場所に車を置き、下に潜って検査をします。